原料調達から製造、流通・販売、消費、廃棄・リサイクルのすべての事業活動のステップにおいて、事業活動は深く生物多様性に関わっています。

原料調達

ヤクルト製品の主要原料として、脱脂粉乳、全粉乳、クリームといった乳製品を使用しています。酪農は、飼育のための水と穀物飼料、牧草地に支えられています。また、水は製品そのものの原料となるだけでなく、穀物飼料をはじめ、ヤクルトの多様な製品を支えるさまざまな作物に欠かせない存在であるといえます。トウモロコシやサトウキビは、糖質の原料として使われています。

製造

製造においては、電気(発電に必要な重油や石炭、天然ガスなど)や水、包装に必要なパルプ（木材）やプラスチック(石油)、アルミニウム（ボーキサイト）などが欠かせません。容器包装に必要なプラスチック（石油）やアルミ（ボーキサイト）などの大規模な採掘現場においては、生息地の喪失や汚染などの問題が考えられます。世界的な天然林の減少などに伴い持続可能な林業や違法伐採木材に対する関心が高まっているなど、パルプを使用する木材に関しても配慮が必要です。

流通・販売

流通・販売では、車両の燃料（ガソリンやディーゼル）や包装紙に用いられるパルプ(木材)が必要です。流通・販売では、車両利用に伴う温室効果ガスの排出や、窒素酸化物や硫黄酸化物、一酸化炭素の排出による汚染や冷蔵などに必要な電力利用による気候変動への影響が考えられます。

消費

消費段階においても、冷蔵や容器洗浄などにエネルギー（電気や天然ガス）や水が使用されています。

廃棄・リサイクル

廃棄リサイクル段階では、焼却などで多くのエネルギーが投入されます。燃焼（廃棄）に投入されるエネルギーによる気候変動への影響や大気への汚染物質の排出が考えられます。洗浄による汚染水や焼却灰・スラグの適切な管理が求められます。